1. JALUR REGULER
Jalur Reguler merupakan jalur pendaftaran mahasiswa baru Mahad Aly An-Nuaimy melalui seleksi tes. Jalur regular merupakan salah satu cara untuk memperluas akses pendidikan tinggi bagi para pelajar SMA/SMK/MA/Sederrajat yang ingin melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi.
Pada tahap pelaksanaan seleksi penerimaan mahasiswa baru dengan jalur regular ini dilaksanakan melalui 3 tahap tes, yakni tes kemampuan Bahasa arab, tes potensi akademik (TPA) dan tes wawancara yang dilakukan secara online. Tes seleksi ini bertujuan untuk mengukur kemampuan dan potensi calon mahasiswa dalam menempuh pendidikan tinggi.
2. JALUR BEASISWA HAFIDZ QUR’AN
Jalur Beasiswa Hafidz Qur’an merupakan jalur pendaftaran untuk siswa kelas XII atau lulusan SMA/MA/SMK sederajat dan lulusan Paket C yang memiliki hafalan 30 juz. Beasiswa ini merupakan wujud apresiasi Mahad Aly An-Nuaimy bagi calon mahasiswa yang memiliki hafalan Al-Qur'an. Mahasiswa akan mendapatkan beasiswa sebesar 100% dari total biaya pendidikan pada semester 1 dan akan di tes ulang di tiap semesternya untuk mendapatkan beasiswa pada semester berikutnya. Jalur Beasiswa Hafidz Qur’an akan ditutup apabila kuota telah terpenuhi.
3. JALUR BEASISWA BERPRESTASI
Jalur pendaftaran calon mahasiswa baru yang dibuka khusus bagi siswa berprestasi akademis maupun non-akademis, ini merupakan langkah yang diambil untuk memberikan penghargaan kepada mereka yang telah menunjukkan dedikasi dan prestasi di tingkat pendidikan sebelumnya. Dalam jalur ini, kuota pendaftarannya dibatasi untuk memastikan bahwa para siswa yang mendaftar benar-benar adalah mereka yang memiliki prestasi.
4. JALUR BIDIK DAI
Jalur Bidik Dai merupakan jalur pendaftaran bagi calon mahasiswa yang sedang menjadi siswa kelas XII. Jalur Bidik Dai memberikan kemudahan kepada calon mahasiswa untuk dapat mengikuti tes masuk penerimaan mahasiswa baru ke Mahad Aly An-Nuaimy di sekolah yang telah bekerjasama.
5. JALUR UNDANGAN
Jalur Undangan merupakan jalur penerimaan mahasiswa baru di Mahad Aly An-Nuaimy yang memberikan kesempatan kepada siswa kelas XII SMA/MA/SMK atau sederajat yang mendapatkan surat undangan. Jalur ini ditujukan untuk siswa yang memiliki prestasi akademis atau non-akademis yang baik.
6. JALUR BEASISWA PUTRA DAERAH
Beasiswa Putra Daerah ialah jalur penerimaan mahasiswa baru yang dibiayai oleh perusahaan atau lembaga swasta yang bermitra dengan An-Nuaimy. Setelah selesai pendidikan, mahasiswa mempunyai ikatan dinas dengan lembaga yang membiayai dan kembali ke daerah untuk membangun daerah asalnya. Saat ini dikhususkan bagi putra daerah yang berasal dari; Bengkulu, Sumatera Barat dan Nusa Tenggara Timur.